Gerade noch ein bisschen selber rumgespielt und zu einer Lösung gekommen:
Hatte den Fenstermodus in der Gothic.ini aktiviert.
Habe diesen nun wieder deaktiviert und stattdessen in der SystemPack.ini datei den randlosen Fenstermodus aktiviert.
Nun wird das Spiel auch wieder von FRAPS erkannt wenn es geöffnet ist und ich kann meine Screenshots machen.
@Rune: Trotzdem Danke für deine schnelle Antwort.